原料药提纯方法选择取决于实际要获得的有效成分价值和性质。水溶性的化合物选择结晶法，操作简单成本低，但前期对相对纯度要求较高。 脂溶性化合物比较复杂，比较通用的方法是溶剂萃取，然后蒸馏，再根据纯度判断是否需要色谱。
多糖类化合物如果纯度要求不高，乙醇沉淀就比较不错，如果要求高可以考虑膜过滤。
一般生物发酵液通用的方法为:树脂富集(根据化合物含量判断是否需要)+离子色谱+结晶+重结晶有些化合物可以考虑硅胶洗脱+GPC+溶剂蒸发结晶，中药研究上好多化合物考虑超临界萃取，价值高的蛋白可能需要抗原抗体吸附，然后再纯化。
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